אמצעי אבחנתי נוסף בילדים עם מומי לב הוא צינתור לב. זוהי בדיקה פולשנית הנעשית בהרדמה כללית ובה מוחדרים צינורות דקים דרך כלי דם בגפיים עד הלב. דרך צינורות אלו ניתן להזריק חומר ניגודי המאפשר הדמיה של מבנה הלב וביצוע מדידות שונות בתוכו. עם התקדמות האקוקרדיוגרפיה פחת השימוש בצינתורים כאמצעי אבחנתי, אך מנגד גבר מאוד השימוש בהם למטרות טיפוליות  כולל פתיחת מסתמים, סתימת חורים ובשנים האחרונות אף השתלת מסתמים. לפיכך, חלק מהמומים שטופלו בעבר בניתוח ניתנים כיום לתיקון בצינתור